【神ツール】850万本の論文をインタラクティブに可視化！「Tomesphere」でリサーチを爆速化しよう

論文を読んでいるとき、データセットやコード、動画、査読結果などを探すために複数のタブを行ったり来たりして疲弊していませんか？そんな悩みを解決するために開発したのがこのプロジェクトです。最初はarXiv限定でしたが、Twitterで予想外の反響をいただき、現在はPubMed Central、bioRxiv、medRxiv、eLifeなどのオープンな論文へと対象を拡大しました。遺伝子やタンパク質、疾患、薬物、臨床試験、3Dタンパク質構造、GitHubリポジトリ、関連論文などの情報が網羅されています。このプロジェクトは主に4つの機能で構成されています。1. インタラクティブ・マップ：SPECTER2で約850万本の論文をエンベッドし、UMAPで2次元散布図として可視化しました。LLMによる要約や主要な発見、査読情報などをクリック一つで確認できます。2. 詳細な論文ページ：本文、画像、動画、OpenReviewの査読、GitHubやHugging Faceのリンク、関連する臨床試験やデータなどを集約。全文をマークダウン形式でコピーできるので、そのままLLMのコンテキストとして利用可能です。3. ブラウザ拡張機能：arXivやPMC、Google Scholarなどで「open in Tomesphere」ボタンをクリックするだけで、サイドバーから即座に情報を抽出できます。4. MCP対応：すべてのデータをLLM経由で活用可能です（現在、無料枠として50クエリまで利用可能。サインアップで10倍に拡大）。現在はベータ版のため、情報の不一致があるかもしれませんが、順次改善予定です。ぜひ触ってみてください！

10年くらい前に「paperscape」っていう似たようなビジュアライゼーションがあったの思い出したわ。見た目はクールで、引用や参考文献を使ってクラスタリングする仕組みだった。結局、見た目がかっこいいってこと以外で、どういうユースケースがあるのか全く分からなかったけどね。

いいね！使ってみて2つ質問があるんだ。

1. 検索ワードでビジュアルマップをフィルタリングする方法はある？例えば「ribosome」って検索したらリストは出てきたんだけど、そのリストをうまく可視化できなかったんだよね。

2. MCPツールがあることに気づいたよ。以前 https://paperclip.gxl.ai/ を使っていい感じだったんだけど、tomesphereならではの際立った機能って何かある？

ちょっと気になるんだけど、論文のソースはどこから引っ張ってきてるの？

これ楽しいね！一般ユーザーでも楽しめる。試しに「James Webb」で検索したら一番上に『James Webb Space Telescope: data, problems, and resolution A. D. Dolgov · 2023 · 1 cites』って出たんだけど、クリックしても何も起きないんだ。そこへズームインするか、記事の内容が見られると思ったんだけど。自分の使い方が悪いのかな？（Chrome, OSX使用）

これすごいね！もし余裕があったら、今書いているポジションペーパーでコラボレーションしたいんだけどどうかな？

いくつか質問があるんだ。

1. Chrome拡張機能があるみたいだけど、Chromeが広告ブロック対策を発表してからは使ってないんだよね。Firefox版の拡張機能の予定はある？

2. ビジネスモデルはどうなってる？有料製品のオープンベータ版？もし製品じゃないなら、そのうちソースコードは公開される予定？

3. 所属機関や著者で論文をフィルタリングできると助かるんだけど、予定はある？それとも対象外かな？

すごくいいね。ちなみに、WebGLを使えばモバイルでももっと多くのデータポイントを表示できるよ。ここに似たような例があるから参考にしてみて。T-SNEレイアウトを使って埋め込みを表示してるよ。https://blog.scottlogic.com/2021/10/15/efficiently-loading-massive-d3-datasets-using-apache-arrow.html

参考までに、うちで作った300万件の科学論文マップもチェックしてみてよ： https://www.scholar-inbox.com/scholar-maps

これ最高だね。一つだけ質問。論文同士の間隔がそれぞれ違うみたいだけど、あれは近傍論文との相関関係に基づいて配置されてるの？それともランダムな配置なのかな？